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Il Canale di Panama aprì al traffico commerciale il 15 agosto 1914, quando il piroscafo della Panama Railroad SS Ancon compì il primo transito ufficiale. Lo scoppio della Prima guerra mondiale fece annullare la grande celebrazione prevista.

Il 7 settembre 1977 il presidente statunitense Jimmy Carter e il generale panamense Omar Torrijos firmarono a Washington due trattati che sostituivano il trattato del 1903 sul canale e promettevano a Panama il controllo del canale alla fine del secolo.

A mezzogiorno del 31 dicembre 1999 il Canale di Panama e tutti i terreni dell'ex Zona del Canale passarono sotto il controllo esclusivo di Panama, come richiedevano i trattati Torrijos-Carter. L'Autorità del Canale di Panama assunse la gestione della via d'acqua.

Il 30 ottobre 2023 l'Autorità del Canale di Panama ha annunciato una riduzione graduale dei transiti giornalieri dopo l'ottobre più secco mai registrato, la prima volta in cui il canale ha dovuto limitare i transiti. La misura fu poi attenuata, ma per settimane si formarono code di navi.

Nel discorso di insediamento del 20 gennaio 2025 il presidente Trump ha detto che la Cina gestiva il Canale di Panama e che «ce lo riprenderemo». Il presidente di Panama ha respinto l'affermazione nel giro di poche ore.

Il 4 marzo 2025 CK Hutchison ha annunciato un accordo di principio per vendere i suoi porti, compresi i terminal di Balboa e Cristóbal alle estremità del Canale di Panama, a un consorzio legato a BlackRock e MSC. L'accordo era valutato 22,8 miliardi di dollari.

Il 29 gennaio 2026 la Corte suprema di Panama ha stabilito che la concessione detenuta da Panama Ports Company di CK Hutchison a Balboa e Cristóbal era incostituzionale. La decisione ha gettato un'ombra sulla vendita dei porti a BlackRock e MSC da 23 miliardi di dollari.

Il 23 febbraio 2026 il governo di Panama ha annullato i contratti portuali di CK Hutchison e ha preso il controllo dei terminal di Balboa e Cristóbal, con APM Terminals di Maersk e MSC che li gestiscono in via provvisoria. Hutchison ha definito il decreto illegittimo.

Il 28 settembre 2026 l'Autorità del Canale di Panama ha annunciato che dal 15 ottobre porterà i transiti Neopanamax giornalieri da nove a 10, per un totale di 33 slot. Ha inoltre aumentato il pescaggio massimo Neopanamax a 14,94 metri, citando le migliori previsioni su piogge e lago Gatún.